为加强增值税防伪税控系统的推行和应用管理，国家税务总局1999年下发了《增值税防伪税控系统管理办法》（国税发〔1999〕221号），其中在“认定登记”（第二章）中规定：防伪税控企业应于《增值税防伪税控系统使用通知书》规定的时间内，向主管税务机关提出填报《防伪税控企业认定登记表》，经主管税务机关审核无误后予以审批。根据国务院有关文件精神，经研究，对此项审核制度予以取消。凡经认定为一般纳税人的企业均可以使用增值税防伪税控系统，而且必须通过防伪税控系统来开具增值税专用发票。