《国家税务总局关于国家经贸委管理的10个国家局所属科研机构转制后税收征收管理问题的通知》（国税发〔1999〕135号）、《国家税务总局关于贯彻落实〈中共中央国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定〉有关所得税问题的通知》（国税发〔2000〕24号），以及我局和科技部等六部门《关于印发建设部等11个部门（单位）所属134个科研机构转制方案的通知》（国科发政字〔2000〕300号）下发后，各地在执行过程中提出了一些问题。为了更好地贯彻落实中共中央、国务院有关文件精神，加强企业所得税征收管理，经研究，现就有关问题补充通知如下：

一、国科发政字〔2000〕300号文件所列134家转制科研机构，从2001年起至2005年底止，5年内免征企业所得税。（此条款已失效或废止）

二、科研机构联合其他企业组建有限责任公司或股份有限公司，科研机构在转制企业中的股权比例达到50%的，按政策规定期限免征企业所得税。

三、科研机构与工程勘察设计单位联合其他企业组建有限责任公司或股份有限公司，其中科研机构在转制企业中的股权比例达到50%的，按本通知第二条规定免征所得税；工程勘察设计单位在转制企业中的股权比例达到50%或者科研机构与工程勘察设计单位在新组建企业中股权均达不到50%，但两者股权合计达到50%的，按工程勘察设计单位转制政策减半征收所得税。

四、科研机构在转制企业中无形资产的价值所占股权比例低于20%的，据实计算控股比例；无形资产股权比例超过20%的，其超过部分不作为计算减免税的股权。

五、鉴于转制科研机构优惠政策的起讫时间不同，国税发〔1999〕135号附件所列242家科研机构以及其他科研机构优惠政策到期以后，应重新计算减免税政策未到期的转制科研机构及工程勘察设计单位在转制企业中的股权比例，并按本通知第三条规定的精神确定是否享受减免所得税政策。

六、根据《国家税务总局关于印发<企业所得税减免税管理办法>的通知》（国税发〔1997〕99号）规定，转制企业减免税实行一次审批的办法，但在减免税期间，主管税务机关要对转制企业享受优惠政策的股权比例进行年检核实，达不到规定比例的，应取消其减免税资格。