一、案件来源：
根据北京市地方税务局举报中心转交我局的《中华人民共和国公安部关于协助调查xxx等人涉嫌偷逃税有关问题的函》：北京某医疗机构开展移民体检业务，并收取了相关收入2477万元，存在偷漏税的问题。我检查组根据上述举报内容对北京某医疗机构1994年4月1日至2002年8月31日的纳税情况实施了税务检查。
二、纳税人基本情况：
北京某医疗机构是1994年成立的医疗单位，主要经营范围：医疗服务、内、外、妇、儿、口腔等。向地税局缴纳的税种主要有个人所得税、企业所得税、印花税等。
三、工作思路的选择及把握：
在北京某医疗机构注册成立时，我国的医疗行业并未纳入改革开放的轨道，那时的医院、诊所等医疗机构从事以非营利为目的的社会医疗服务保障工作。《中华人民共和国营业税暂行条例》中规定：对医院、诊所和其他医疗机构提供的医疗服务免征营业税。
随着改革开放的深入，国家对医疗行业的控制逐步放宽，越来越多的以营利为经营目的的医疗机构越来越多。
根据国务院体改办等八部委《关于城镇医药卫生体制改革指导意见》，卫生部“关于城镇医疗机构分类管理的实施意见”、“北京市城镇医疗机构分类管理的实施意见”等文件精神，本着各个医疗机构自愿申请的原则，2001年北京市各级卫生行政部门对北京地区已经做出申请的医疗机构进行了营利性医疗机构和非营利性医疗机构的核定。北京某医疗机构已经被核定为营利性医疗机构。
北京某医疗机构与公办医疗机构延续多年的财政统一拨款，收支两条线，以收抵支的财务管理状况有很大不同。该医疗机构具有公司的性质，采取公司的财务管理形式，以营利为其经营目的。经卫生行政部门批准，北京某医疗机构参照国际标准自行拟定收费价格，虽然已经在卫生、物价部门审批和备案，但该医疗机构制定的收费标准远高于国家的医疗收费标准。其服务对象也与普通公办医疗机构有所区别，主要为北京市高收入人群和来华外籍人员，向这些人提供内科、外科、中医科、妇科、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科以及皮肤科等门诊和急诊的医疗服务，此外该医疗机构还与一些国家的驻华使馆合作，提供出国移民体检服务。
四、违法事实及定性处理
通过检查发现北京某医疗机构于1994年开始开展移民体检业务。该医疗机构自2001年12月取得卫生行政主管部门签发的《中华人民共和国营利性医疗机构执业许可证》。在2002年1月至2002年8月间该医疗机构共取得医疗服务收入32486897.15元，未申报缴纳营业税。
针对上述取得应税营业收入未缴纳营业税的问题，根据《中华人民共和国营业税暂行条例》第一条、第二条和第四条，《财政部、国家税务总局关于医疗卫生局机构有关税收政策的通知》（财税[2000]42号）第二条第一款对营利性医疗机构取得的收入，按规定征收各项税收“，责成北京某医疗机构对其在2002年1月至2002年8月间取得的营业收入32486897.15元，补缴营业税1624344.86元。
五、案例分析（一）税务登记方面存在的问题：
营利性医疗机构在取得了《医疗机构执业许可证》之后，按照有关法律法规还需要到工商部门注册，到税务部门登记。但当时的工商部门并未对部分医疗机构办理注册。由于现有的税收法规未对医疗机构的经营性质进行明确的界定，故税务部门对营利性医疗机构的注册登记并不一致，有的营利性医疗机构的税务登记注册类型为中外合作经营企业，而有的则为事业单位，不能如实反映这些营利性医疗机构的经营性质。此外，还有部分营利性医疗机构自开业以来一直未到税务部门办理税务登记。
对营利性医疗机构在税务登记方面缺乏规范的管理，造成了税务部门对这些单位的税收征管产生了较大的漏洞。
（二）税收征管部门在执行税收优惠政策方面存在的问题：
在2000年，财政部、国家税务总局颁布了“关于医疗卫生机构有关税收政策的通知”（财税[2000]42号），该文件对非营利性以及营利性医疗机构的税收政策进行了明确。
市局在2000年11月3日转发了财税[2000]42号文件，规定我市从2001年1月1日起开始执行。转发文的文号为京财税[2000]2178号。结合本市实际情况，京财税[2000]2178号文对财税[2000]42号文的内容做了补充。
文件中规定：“营利性医疗机构取得的收入，直接用于改善医疗卫生条件的部分，经所在地主管税务机关审核批准后，自其取得执业登记之日起，3年内免征营业税。”
经我们调查发现，在目前大多数医疗机构中，有些早在1993、1994年期间就已经取得了执业登记，并且都已经被卫生行政主管部门核定为营利性医疗机构，并不适用京财税[2000]2178号文中规定的减免税政策，然而税收征管部门对这些营利性医疗机构的税收管理仍然按照《中华人民共和国营业税暂行条例》中的免税规定执行，未对其应纳税款征税，几年来流失的税款额很大。
经了解，医疗机构的医疗条件包含方面很广，既有硬件设备也有软件环境，这些医疗机构在改善自身医疗条件时，除了在硬件设备方面购买大量的先进医疗器械，同时在医护人员的业务水平提高方面也投入了大量的经费，这些支出是否都应被视作“直接改善医疗卫生条件”存在一些疑问。而京财税[2000]2178号文件中又没有对“直接用于改善医疗卫生条件的收入”中的“改善医疗卫生条件”的范围做出明确的解释，更没有一个具体的划分标准，这就加大了税务部门正确执行营利性医疗机构减免税政策的难度，这也是造成税款流失的一个重要原因。
六、工作建议：
（一）进一步加强与卫生行政主管部门的联系，从卫生行政主管部门获得已经取得《营利性医疗机构执业许可证》医疗机构的名单，加强对医疗机构的日常管理，进一步规范其纳税行为；
（二）对现有政策给予明确的解释，加强对新政策、法规的学习与执行，进一步强化对营利性医疗机构的纳税服务以及税法宣传；
（三）会同工商部门做好医疗机构的管理工作，以从卫生行政主管部门获得的已经取得《营利性医疗机构执业许可证》医疗机构的名单为基础，督促尚未办理工商登记的医疗机构及时办理工商登记，然后办理正确的税务登记；税收征管部门应要求医疗机构开展企业自核自查工作，补缴税款；（四）税务稽查部门应加强对医疗机构的税收检查。
【来源：中国财税专业顾问网】
