结算协议是建筑工程合同双方当事人就建筑工程造价问题达成的一个独立合同，在因建筑工程合同工程造价而发生的诉讼中，法院应尊重当事人的约定，在没有法定无效和可撤销情形时，应承认其效力，并依此确定工程造价，在此情况下，如果完全不考虑当事人的合意对工程款重新鉴定则实际上是违反了当事人的意思，不符合私法自治和合同自由原则。同时也会增加当事人的负担，使法院审判处于进退两难的境地。对此类问题，最高人民法院2001年4月2日，给河南省高级人民法院《关于建筑工程承包合同案件中双方当事人已确认的工程决算价款与审计部门审计的工程决算价款不一致时如何适用法律问题的电话答复意见》（2001民一他字第2号）中明确指出：“审计是国家对建设单位的一种行政监督，不影响建设单位与承建单位的合同效力。建设工程承包合同案件应以当事人的约定作为法院判决的依据。只有在合同明确约定以审计结论作为结算依据或者合同约定不明、合同约定无效的情况下，才能将审计结论作为判决的依据。”

中国人民大学王利明教授就此类问题也曾指出，由法院来聘请鉴定人重新鉴定将会给不履行的一方逃避债务或拒不承担合同义务提供机会。双方达成合意以后，就应当按照合意来履行，如果违约则应当承担违约责任。假如在合同订立以后，一方不愿意履行合同，就可以要求重新鉴定以推翻原先的合同，这就给当事人出尔反尔、违反合同提供了极大的机会。当然这并不是说只要就工程款达成协议以后就绝对不能变更，根据我国合同法第54条的规定：在订立合同时显失公平的，当事人一方有权请求法院予以变更或撤销。但是，根据显失公平而变更或撤销合同，首先要求必须一方当事人提出请求，其次需要符合显失公平的构成要件。这些要件包括：一方是在紧迫或缺乏经验的情况下订立的合同；合同的内容表明双方当事人的利益严重失衡，即合同对一方明显有重大不利，而另一方明显获得了超过法律允许的利益。从本案来看，双方并没有根据显失公平主张变更或撤销合同，即使双方确定的工程款有可能存在偏差，也很难说是显失公平的。另外。从本案来看，教育局接受该工程以后使用该工程已经两年，工程本身已经发生了很大变化，事实上已经很难鉴定出竣工时的情况。即使作出鉴定，也不能反映客观真实。在此情况下，作出鉴定本身是不必要的。

【来源：找法网】