1、交通运输业扣除凭证

《国家税务总局关于新版公路、内河货物运输业统一发票有关使用问题的通知》(国税发[2007]101号)规定，运输单位(或个人)从事公路、内河货物运输业务的，应以收取的全部价款向付款人开具货运发票，合作运输单位(或个人)以向运输单位(或个人)收取的全部价款向该运输单位(或个人)开具货运发票，运输单位(或个人)应以合作运输单位(或个人)向其开具的货运发票作为差额缴纳营业税的扣除凭证。

2、代理业扣除凭证

纳税人从事无船承运业务，应按照其从事无船承运业务取得的全部价款和价外费用向委托人开具发票，同时应凭其取得的开具给本纳税人的发票或其他合法有效凭证作为差额缴纳营业税的扣除凭证。

3、仓储业扣除凭证

国税发[2005]208号对营业额减除项目凭证管理问题提出了要求：营业额减除项目支付款项发生在境内的，该减除项目支付款项凭证必须是发票或经税务机关认可的合法有效凭证;支付给境外的，该减除项目支付款项凭证必须是外汇付汇凭证，或外方公司的签收单据、出具的公证证明。

【来源：深圳财经网】