根据BPR的思想精髓，我们可以将BPR的实施结构设想成一种多层次的立体形式，整个BPR实施体系由观念重建，流程重建和组织重建三个层次构成，其中以流程重建为主导，而每个层次内部又有各自相应的步骤过程，各层次也交织着彼此作用的关联关系。
一、BPR的观念重建
这一层次所要解决的是有关BPR的观念问题。即要在整个企业内部树立实施BPR的正确观念，使企业的员工理解BPR对于企业管理、应用ERP的重要性。它主要涉及到三个方面的工作：
1、组建BPR小组。由于BPR要求大幅度地变革基本信念、转变经营机制、重建组织文化、重塑行为方式和重构组织形式，这就需要有很好的领导和组织的保证。所以，在企业内部要成立专门的领导小组负责ERP应用中的业务流程重组。
2、前期的宣传准备工作。它可以帮助企业的员工从客观的和整个企业发展的角度，来看待并理解业务流程重组及其对本企业带来的重要意义，以避免由于员工的不理解，造成的企业内部的人心恐慌和对BPR的抵触情绪。
3、设置合理目标。这是为了给业务流程重组活动设置一个明确的要达到的目标，以便做到“心中有数”。常见的目标有：降低成本、缩短时间、增加产量、提高质量、提高顾客满意度等等。
二、BPR的流程重建
流程重建是指对企业的现有流程进行调研分析、诊断、再设计，然后重新构件新的流程的过程。它主要包括三个环节：
1、业务流程分析与诊断。它是对企业现有的业务流程进行描述，分析其中存在的问题，并进而给予诊断。
2、业务流程的再设计。针对前面分析诊断的结果，重新设计现有流程，使其趋于合理化。流程再设计可以表现为：
（1）经多道工序合并，归于一人完成；
（2）将完成多道工序的人员组合成小组或团队共同工作；
（3）将串行式流程改为同步工程等。
3、业务流程重组的实施。这一阶段是将重新设计的流程真正落实到企业的经营管理中来。企业进行业务流程重组的目的主要体现在：
（1）强化对客户有价值的业务流程。强化并提升与客户满意度有关的业务流程，剔除对企业客户无价值的业务流程。
（2）强化企业风险管理。企业在日常经营过程中面临不同风险，包括环境、运作、财务及决策等，通过业务流程重组就是要通过规范的业务流程降低企业风险。
（3）优化成本。通过BPR能够降低业务流程及相关成本，优化配置有关资源。
（4）缩短工作完成时间，提升工作效率。企业通过BPR缩短企业内各业务单位从收到外部或内部客户指令到完成相关任务的时间。
针对这些问题，可以采取相关措施来帮助让企业处理实施中的业务重组问题。
首先可以以企业目标为导向调整组织结构，在传统管理模式下，劳动分工使各部门具有特定的职能，同一时间只能由一个部门完成某荐业务的一部分。可以通过BPR打破了职能部门的界限，由一个人或一个工作组来完成业务的所有步骤，从而拓宽市场机会。
其次让执行工作者有决策的权力在ERP系统的支持下，让执行者有工作上所需的决策权，可消除信息传输过程中的延时和误差，并对执行者有激励作用。最重要的是取得高层领导的参与和支持，高层领导持续性的参与和明确的支持能明显提高BPR成功的概率。如果没有高层管理者的明确支持，则很难推行。
