发票协查子系统中税务机关接受委托或按照上级税务机关的指令，对有疑问的或已经确定虚开的增值税专用发票进行查处的管理系统。它主要对以下两种情况进行查实：

一种是对认证不符、密文有误发票的查实；

一种是对稽核比对的六种结果进行查实：

（1）不符发票

（2）缺联发票

（3）抵扣联重号发票

（4）属于失控票

（5）红字抵扣联缺联票

（6）属于作废票

【来源：中国税收资讯网】