我国目前专门针对医院的税收政策概括起来可以用“两个条款”和“一个文件”来描述。
“两个条款”是指《中华人民共和困营业税暂行条例》和《个华人民共和国茁业税暂行条例实施细则》中提到的有关医院税收的两个条款。
“一个文件”则是指财政部、国家税务总局2000年7月10下发的关于《医疗卫生机构有关税收政策的通知》(财税[2000]42号)。
上述文件把医疗机构进行了营利性和非营利性的分类，并规定了两者不同的税收政策。简单地说，这个文件规定营利性医疗机构(包括医院，这主要是指民营医院，当然还有一些小的诊所)要照章纳税，但同时给予了3年的免税照顾。非营利性医疗机构(主要是指公立医院)免缴各项税收。实际上争议就是从这里开始的。
从税收的角度来看，我国对民营医疗机构和公立医疗机构是如何来定义的呢? 从税收的角度上来说，目前我国税收政策中对医疗机构使用的分类概念是营利和非营利，不是按照投资主体是民间还是国家来划分的。也就是说，民营医疗机构只要按照国家非营利医疗机构的运作模式去运作，不会因为它是民营医疗机构就不能享受非营利性医疗机构相关的税收优惠政策。同样，公立医院只要它是按照国家营利性医疗机构的运作模式去运作的，那么也不会因为它是公立医疗机构就可以享受非营利性医疗机构的税收优惠政策。
而现在的公立医疗机构就是非营利性的，这个概念我个人认为适用于西方资本主义国家。因为在他们那个国度里，公立医院是用纳税人的税款建立的，因此他们对这类医疗机构的定位就是强调服务和非营利。
而我国绝大部分医疗机构都是国家投资设立的公立医疗机构。如果把公立医疗机构都限定为非营利性的，我个人认为不利于国家医疗体制改革的顺利进行。所以我认为我们国家也应该允许一部分公立医疗机构改制为营利性的医疗机构。
目前我国营利性医疗机构和非营利性机构在税收政策上有哪些相同点和不同点? 有一样的地方，也有许多不一样的地方。
第一个相同点是根据财政部、国家税务总局《关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》文件的规定，无论营利性和非营利性医疗机构的药房只要分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。这个各项税收主要是指增值税、企业所得税以及和商业零售企业有关的各种小税费。
第二个相同点是无论营利性和非营利性医疗机构的从业人员，包括各种兼职的专家教授，其收入均须缴纳个人所得税。
我详细说一下不同点。首先是营业税和企业所得税这两个税种。营利性医疗机构有限定条件地免税二年后，恢复征收。非营利性医疗机构无条件免税。第二个不同点在房产税、城镇土地使用税、车船使用税这三个税种上，营利性医疗机构有条件地免税三年后，恢复征收，而非营利性医院无条件免税。第三个不同点不在于税种了，而是在税目上，就是医院自产自用的制剂，营利性医疗机构免税三年后，恢复征收增值税，而非营利性医疗机构免税。
现阶段大家都非常关注和在意这些不同点，而且这也是许多业内人士认为民营医院和公立医院不在一个政策起跑线上的主要原因之一。目前我国对营利性医疗机构的税收政策是否存在公允问题呢?
我们国家目前对营利性医疗机构的税收政策不存在不公允的问题。因为既然营利性医疗机构定位是营利，那么照章纳税也就是应该的，因为你也可以选择非营利性的。在这点上需要强调的是营利性医疗机构的收费价格是放开的，而非营利性医疗机构必须按照国家统一定价来执行，也就是说国家已经放了口子，不能说又要价格放开、又要分红赚钱还要免税，这肯定是不可能的。再说如果医疗行业开了这个口子，那么类似的如文化、体育等行业怎么办?就拿体育事业来说，搞全民健身，提高国民素质，也具有一定的公益性。可体育产业同样要纳税。还有一点，每个部门也都是有利益关联和矛盾冲突的，比如民政部门盖这个章子的时候他还要好好想想的。所以我个人认为问题主要在于国家对营利性医疗机构的税收政策存在着重大缺陷及优惠政策的引导缺乏系统性，而不是别的。
我认为目前国家对营利性医疗机构的税收政策存在着重大缺陷。国家规定了对营利性医疗机构的医疗服务收入免征营业税，三年以后恢复征收营业税，但是并没有明确恢复征收营业税的时间以及按营业税的什么税目和税率征收营业税。根据国家税务总局颁布的《营业税税目注释(试行稿)》(国税发[1993]49号)文件中列举的营业税税目，医疗服务没有可以对照的税目可以归类，这样也就无法具体按什么税率计算缴纳营业税。
一般人认为，医疗服务既然是“服务”就应按照洗浴、餐饮等服务的“服务业税目”的5％的税率计算缴纳营业税。但是历史上，我国将医疗卫生和文化教育以及体育划分为一个大系统归类的，俗称文教卫系统，所以我个人认为如果医疗服务开始缴纳营业税，也应当参照“文化体育业税目”的3％的税率计算缴纳营业税，而不应该按照“服务业税目”的5％的税率计算缴纳。
对这个问题，其实我自己也存在困惑。财政部、国家税务总局《关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》是2000年颁布的文件，按理说，2000年以后新设立的营利性医疗机构免税三年，已经有到期的医疗机构了，在没有国家税务总局颁布的《营业税税目注释》做依据的情况之下，是没有法律法规依据进行征税的。在实际操作中，我广解到的情况是营利性的医疗机构都是在按照5％的税率计算缴纳营业税的。
我刚才说的缺乏系统的优惠政策的引导，是相对来说的。我们国家对生产性企业技术投入、高科技生产科研企业的研发投入、软件企业均出台了一系列的税收优惠政策。因此我个人认为，营利性医疗机构其实更需要在医疗技术、设备及技术人才上做更多更大的投入，国家要想提高医疗卫生行业的整体技术水平，应当也应该制定相应的税收优惠和扶持政策，比如对高技术含量的医疗设备可以计算加速折旧，对医疗技术交流免征税款等等。
现在不应该再在性质上纠缠不清了。因为要想从这个方面突破难度是很大的，这样纠缠下去没有任何意义。而且也不能解决任何实际的问题，可以肯定这是一条走不通的路。现在营利性医疗机构应该做的，是在可能的条件下寻找细节上的突破口，也就是说应该在税收执行的具体操作层面上向政府要政策，比如说跟同类型的行业相比，还比如说可以在免税时间、优惠时限、税率等环节上多下功夫。
一些民营医疗机构为了规避税收而申报非营利性医疗机构，我觉得这是很危险的。虽然这样可以获得暂时的利益，但显然不利于一个医院的长远发展，小诊所、小医院还稍微好一点，那些投资很大的医院真的是要冒很大风险的。我们国家不像国外，企业捐赠在财务制度的税前列支上有着严格的限制。更重要的是，一旦选择了非营利性，就是没有回报的，更不能分红，但这些大医院大都是长线投资，动辄上亿，说句大白话，不要求回报扔这么多钱，疯了?这显然扭曲了资本投资营利性医院的本性。再说抱着投机的心态也不是做大事应该有的考虑，何况我国市场和政策都有太多不确定的因素。
目前征税情况各地不同。因为实际操作情况不一样，所以地域性差异很大。用税收专业术语来讲，是不是全额征收就不一定了，换句话说就是民营医疗机构并没有全部征收到位。当然这里面有实际操作的难度，并不是说民营医院故意偷税漏税。比如我上面讲到的税务机关没有可以相对照的税率进行计算；对医院的营业收入也不能准确的进行核算，因为医院并没有使用税务统一发票，如果非要开发票的话，那又进入了一个虚开、高开的怪圈等等，这些都是需要解决的实际问题。
我们知道，医院过去一直是事业单位，所以纳税意识都不是很强，即使后来一些医院改制成为民营医院，但它们大都与当地政府和执法机关有着沟通与人脉关系，因此没有全额缴纳也是大家心照不宣的事。因此从这点上我们不能单单指责民营医院的纳税意识淡薄，关键要创造一个税收法制的环境，我认为这点非常重要。
我国以法律的形式颁布的税法只有这两部，其余的都属于国务院及各级政府下发的行政法规。
为什么说税收法制环境很重要，我们国家现在要求依法行政，对于执法机关也同样如此，问题是必须有法可依。我个人认为，国家对于医院税收的有关政策应该以法律的形式进一步明晰、明确下来，这样更宜于操作。
从另一个角度来说，税收法制环境很重要是因为不论民营医院还是投资者，即便现在不交但迟早还是要交的，也就是说不仅要考虑到眼前的利益，还要考虑今后长远的利益。过去是事业单位，税收政策方面比较人情化，但现在是营利单位，就不能“光拉车不看路”。如果没有税收政策、税收制度的知识或其它一些法律依据，就要寻找一些专业的机构来做。我国税法对“偷税漏税”的处罚力度是很大的，如果因为一个小的失误而受到处罚那就很不划算了。
在现行税收环境下，营利性医疗机构遇到的困难和阻力与民营企业是一样的。具体地说，比如企业所得税税前工资扣除标准太低，投资者要为员工的工资交纳企业所得税；广告费税前扣除限制标准太低等等。
营利性医疗机构如何处理好税收问题?换句话民营医院如何规避税收风险。我谈几个我认为很重要也是比较具体的方面。
首先，我认为应该建立准确纳税和控制税收成本的意识和概念。作为一个营利的机构，向国家缴纳合理的税款是应尽的国家义务，而且我们国家的税收宗旨是“取之于民、用之于民”。
过去许多管理者不重视这个问题，认为这是财务问题，是会计的事，实际上会计核算只是经营结果的事后描述，是记录。而税收是经营行为发生时就必然产生的概念。尤其在现代社会，作为高层决策和管理人员都应该有一定的专业税收知识。
其次，营利性医疗机构要在国家立法环节上积极反映其在经营过程中为社会做出的贡献和遇到的困难，争取最大限度地获得国家低税负的税收政策。例如：医疗服务营业税的税率，应该在立法环节争取到3％，再比如广告费支出应在立法环节争取到最大限度的扣除限制标准。民营医院目前的这种生存环境使很多民营医院在广告费用上投入很大，而企业所得税法规定，广告经营费用允许2％的税前列支，其余部分是不能够税前列支的，这就使得在现阶段民营医院承受起来非常困难，也不利于它的发展。
再次，营利性医疗机构自身在组织机构设置、核算形式的确定等方面，应该充分研究税收法律法规的规定，最大限度地通过自身经营行为的调整来避免多缴税款。举个例子，就拿设立组织机构来说，设合伙或独资企业与设有限责任公司在缴纳企业所得税的具体操作层面上就有所不同。
【来源：中国税务教育网】
