企业应当按照一定的程序办理研发费用加计扣除。为理解方便，现以某通讯设备公司为例作介绍，办理程序如下：

第一步：通讯设备公司进行研发项目立项，并编制研发项目开发计划、研究开发费预算、组建课题组。该公司编制了2006年××新产品开发计划书，主要内容包括：立项理由、列明新产品的名称、市场前景分析、新产品的开发流程、计划进度、采用技术的先进性、知识产权取得或申报计划，并说明为自行开发；费用总体预算为540万元，其中新产品设计费为80万元，工艺规程制定费为5万元，设备调试费为20万元，原材料和半成品使用费为60万元，研究机构人员工资为175万元，研究设备的折旧为30万元，中间实验费为170万元。经公司董事会讨论通过后下达立项决议书。

第二步：在汇算清缴所得税时，通讯设备公司将××新产品开发计划立项决议书、开发计划书、研究开发费预算、当年新产品开发费用的支出明细账、项目费用归集表及部分单据、企业的书面申请报告、营业执照、税务登记证复印件、公司技术中心组织架构及人员名单等相关资料报送主管税务机关。

第三步：主管税务机关进行备案审核，如果审核通过，下达“备案类减免税务登记通知书”。

第四步：通讯设备公司根据“备案类减免税务登记通知书”审核的研发费用加计扣除。在备案时，通讯设备公司向主管税务机关提交了以下材料：书面申请报告；公司立项决议书；新产品开发计划书；研究开发费预算；公司研究开发组织架构、编制及人员名单；当年新产品开发费用的支出明细账；《研发项目研发费用发生情况归集表》及发生额的有效凭证；企业法人的营业执照复印件；税务登记证复印件；其他相关材料，包括高新技术企业认定证书等；2006年度企业所得税年度纳税申报表。

2007年1月20日，该公司财务人员向主管税务机关报送以上材料；2007年1月26日，接到主管税务机关专管员的电话通知，申报材料符合要求，并送至主管税务机关备案；2007年2月23日，接到税务专管员电话通知，研发费用加计扣除已经主管税务机关批准，同意在企业所得税前加计扣除，并通知在15个工作日后领取“备案类减免税务登记通知书”；2007年3月12日，公司如期领到“备案类减免税务登记通知书”。

税务部门对研发项目和研发人员的真实性，项目经费预算的合理性进行严格审查，有时会派专人到企业逐一审核。在确认无误后，才会同意企业享受加计扣除优惠。

【来源：中国财税网】