为加强增值税一般纳税人纳税辅导期管理，根据《增值税一般纳税人资格认定管理办法》第十三条规定，总局制定了《增值税一般纳税人纳税辅导期管理办法》（国税发[2010]40号），部分内容如下：
1、辅导期纳税人取得的增值税专用发票抵扣联、海关进口增值税专用缴款书以及运输费用结算单据应当在交叉稽核比对无误后，方可抵扣进项税额。
解读：辅导期内，纳税人取得的所有抵扣凭证，除了农产品收购发票或销售发票，全部实行“先比对后抵扣”的管理办法。
2、辅导期纳税人实行限量限额发售专用发票。
（1）实行纳税辅导期管理的小型商贸批发企业，领购专用发票的最高开票限额不得超过十万元；其他一般纳税人专用发票最高开票限额应根据企业实际经营情况重新核定。
（2）辅导期纳税人专用发票的领购实行按次限量控制，主管税务机关可根据纳税人的经营情况核定每次专用发票的供应数量，但每次发售专用发票数量不得超过25份。
（3）辅导期纳税人领购的专用发票未使用完而再次领购的，主管税务机关发售专用发票的份数不得超过核定的每次领购专用发票份数与未使用完的专用发票份数的差额。
解读：相对于原国税发明电[2004]37号中对于“辅导期一般纳税人的增值税专用发票最高开票限额原则上不得超过一万元”的规定，本条对最高开票限额不得超过十万元的规定还是比较宽松的，但“限量限额”发售发票的原则仍然没变。
（4）辅导期纳税人一个月内多次领购专用发票的，应从当月第二次领购专用发票起，按照上一次已领购并开具的专用发票销售额的3%预缴增值税，未预缴增值税的，主管税务机关不得向其发售专用发票。
预缴增值税时，纳税人应提供已领购并开具的专用发票记账联，主管税务机关根据其提供的专用发票记账联计算应预缴的增值税。
解读：辅导期纳税人一个月内多次领购发票，仍沿用了原来按已开具专用发票销售额“预缴增值税”的管理办法。预缴税率选择2009年1月1日开始执行的《增值税暂行条例》中的小规模纳税人增值税率3%的规定。
（5）辅导期纳税人增购发票预缴的增值税可在本期增值税应纳税额中抵减，抵减后预缴增值税仍有余额的，可抵减下期再次领购专用发票时应当预缴的增值税。
纳税辅导期结束后，纳税人因增购专用发票发生的预缴增值税有余额的，主管税务机关应在纳税辅导期结束后的第一个月内，一次性退还纳税人。
解读：对于预缴增值税，本办法规定的原则是，辅导期内“只抵不退”，辅导期后“一次性退还”。对于辅导期内的新办小型商贸批发企业，可能会发生大量的“待抵扣进项税额”，预缴政策可能会导致企业资金占用成本增加。因此，纳税人应注意其中的财务风险。同样对于辅导期长达六个月的“其他一般纳税人”，也应注意提前消化资金长期占用的成本。
（6）主管税务机关定期接收交叉稽核比对结果，通过《稽核结果导出工具》导出发票明细数据及《稽核结果通知书》并告知辅导期纳税人。
辅导期纳税人根据交叉稽核比对结果相符的增值税抵扣凭证本期数据申报抵扣进项税额，未收到交叉稽核比对结果的增值税抵扣凭证留待下期抵扣。
解读：实行纳税辅导期管理的增值税一般纳税人，只能对交叉稽核比对结果相符的增值税抵扣凭证才能申报抵扣进项税额，否则面临无法申报抵扣进项的风险。在此期间纳税人除了应及时与主管税务机关就交叉稽查结果进行沟通外，还需要注意，本条只是对辅导期纳税人申报抵扣环节的特殊规定，对取得的抵扣凭证的认证，仍应严格按照《国家税务总局关于调整增值税扣税凭证抵扣期限有关问题的通知》（国税函[2009]617号）规定，取得的2010年1月1日以后开具的抵扣凭证，应在开具之日起180日内到税务机关办理认证。未在规定期限内到税务机关办理认证的，将无法进入交叉稽核比对环节。
【来源：财刀网学员】
