申报表主表和附表一的填写和辅导期前后都是一样的，所以不进行说明了。

需要注意的是附表二的填写，按以下要求填写《增值税纳税申报表附列资料（表二）》。　　

（一）第2栏填写当月取得认证相符且当月收到《稽核比对结果通知书》及其明细清单注明的稽核相符专用发票、协查结果中允许抵扣的专用发票的份数、金额、税额。

　　（二）第3栏填写前期取得认证相符且当月收到《稽核比对结果通知书》及其明细清单注明的稽核相符专用发票、协查结果中允许抵扣的专用发票的份数、金额、税额。

　　　（三）第5栏填写税务机关告知的《稽核比对结果通知书》及其明细清单注明的本期稽核相符的海关进口增值税专用缴款书、协查结果中允许抵扣的海关进口增值税专用缴款书的份数、金额、税额。

　　　（四）第7栏“废旧物资发票”不再填写。

　　　（五）第8栏填写税务机关告知的《稽核比对结果通知书》及其明细清单注明的本期稽核相符的运输费用结算单据、协查结果中允许抵扣的运输费用结算单据的份数、金额、税额。

（六）第23栏填写认证相符但未收到稽核比对结果的增值税专用发票月初余额数。

　　　（七）第24栏填写本月己认证相符但未收到稽核比对结果的专用发票数据。

　　　（八）第25栏填写已认证相符但未收到稽核比对结果的专用发票月末余额数。

　　　（九）第28栏填写本月未收到稽核比对结果的海关进口增值税专用缴款书。

　　　（十）第30栏“废旧物资发票”不再填写。

　　　（十一）第31栏填写本月未收到稽核比对结果的运输费用结算单据数据。

　　　解读：本条对辅导期纳税人填写《增值税纳税申报表附列资料（表二）》的口径如何掌握进行了明确。

同时，主管税务机关在受理辅导期纳税人纳税申报时，按照以下要求进行“一窗式”票表比对。
　　（一）审核《增值税纳税申报表》附表二第3栏份数、金额、税额是否等于或小于本期稽核系统比对相符的专用发票抵扣联数据。
　　（二）审核《增值税纳税申报表》附表二第5栏份数、金额、税额是否等于或小于本期交叉稽核比对相符和协查后允许抵扣的海关进口增值税专用缴款书合计数。
　　（三）审核《增值税纳税申报表》附表二中第8栏的份数、金额是否等于或小于本期交叉稽核比对相符和协查后允许抵扣的运输费用结算单据合计数。
　　（四）申报表数据若大于稽核结果数据的，按现行“一窗式”票表比对异常情况处理。
　　解读：对辅导期纳税人纳税申报的报表比对纳入“一窗式”管理，本条侧重征管要求。征管实务中，按照《国家税务总局关于调整增值税一般纳税人纳税申报“一窗式”管理操作规程有关事项的通知》（国税函[2008]1074号）执行。