国家税务总局根据目前税收管理现状，下发了《关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》（国税函〔2010〕39号），规范了跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）经营建筑企业所得税征收管理问题。
2008年新《企业所得税法》实施前，建筑业企业外出经营所得税纳税执行的是《国家税务总局关于建筑安装企业所得税纳税地点问题的通知》（国税发〔1995〕227号）。该文件第一条规定，建筑安装企业离开工商登记注册地或经营管理所在地（以下简称所在地）到本县（区）以外地区施工的，应向其所在地的主管税务机关申请开具外出经营活动税收管理证明（以下简称外出经营证），其经营所得，由所在地主管税务机关一并计征所得税。否则，其经营所得由企业项目施工地主管税务机关就地征收所得税。在执行这个文件时，有的税务机关自行规定在开具外出经营证时提前预征税款，有的经营地税务机关也采取按收入比例征收税款，致使企业两头纳税，出现多缴税款现象。新税法实施后，由于建筑业的特殊性，不少税务机关还在执行原来的管理政策。
国税函〔2010〕39号明确规定，实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业应严格执行《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法〉的通知》（国税发〔2008〕28号）规定，按照“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的办法计算缴纳企业所得税。各地税务机关自行制定的与本通知相抵触的征管文件，一律停止执行并予以纠正；对按照规定不应就地预缴而征收了企业所得税的，要及时将税款返还给企业。
跨地区经营需要预缴税款
由于新《企业所得税法》实行法人所得税制，因此，非法人单位不成为独立的企业所得税纳税人。建筑业企业在外地设立的从事经营活动的非法人分支机构，也就不是企业所得税纳税人。但考虑到跨省经营涉及财政利益分配的特殊情况，税法制定了在经营地预缴税款，总机构汇算清缴的征税政策。
按照国税发〔2008〕28号文件规定，统一计算，是指企业总机构统一计算包括企业所属各个不具有法人资格的营业机构、场所在内的全部应纳税所得额、应纳税额。分级管理，是指总机构、分支机构所在地的主管税务机关都有对当地机构进行企业所得税管理的责任，总机构和分支机构应分别接受机构所在地主管税务机关的管理。就地预缴，是指总机构、分支机构应按本办法的规定，分月或分季分别向所在地主管税务机关申报预缴企业所得税。汇总清算，是指在年度终了后，总机构负责进行企业所得税的年度汇算清缴，统一计算企业的年度应纳所得税额，抵减总机构、分支机构当年已就地分期预缴的企业所得税款后，多退少补税款。财政调库，是指财政部定期将缴入中央国库的跨地区总分机构企业所得税待分配收入，按照核定的系数调整至地方金库。具体办法是：总机构和分支机构应分期预缴的企业所得税，50%在各分支机构间分摊预缴，50%由总机构预缴。总机构预缴的部分，其中25%就地入库，25%预缴入中央国库。分支机构分配依据是：由总机构按照以前年度（1月～6月按上上年度，7月～12月按上年度）分支机构的经营收入、职工工资和资产总额三个因素计算各分支机构应分摊所得税款的比例，三因素的权重依次为0.35、0.35、0.30。
企业在同一省、自治区、直辖市和计划单列市内跨地、市（区、县）设立不具有法人资格营业机构、场所的，其企业所得税征收管理办法，由各省、自治区、直辖市和计划单列市国家税务局、地方税务局参照上述办法联合制定。
外出第一年不在经营地预缴税款
虽然跨省（市）、自治区外出经营的建筑业企业需要按规定在经营地预缴税款，但对于第一年外出经营的分支机构，按照国税发〔2008〕28号文件规定，可以不预缴税款。国税发〔2008〕28号文件规定，以下外出分支机构可以不在经营地预缴企业所得税税款：不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级及以下分支机构，不就地预缴企业所得税。上年度认定为小型微利企业的，其分支机构不就地预缴企业所得税。新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税。撤销的分支机构，撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴入中央国库。企业在中国境外设立的不具有法人资格的营业机构，不就地预缴企业所得税。
不符合分支机构条件的要独立纳税
国税函〔2010〕39号文件第二条规定，建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程指挥部、合同段等），应汇总到总机构或二级分支机构统一计算，按照国税发〔2008〕28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。但是，汇总纳税的二级分支机构税法有条件限制，如分支机构不符合条件规定，还是要在经营地作为独立纳税人缴纳企业所得税。
《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函〔2009〕221号）就二级分支机构的判定问题规定如下：二级分支机构是指总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的领取非法人营业执照的分支机构。总机构应及时将其所属二级分支机构名单报送总机构所在地主管税务机关，并向其所属二级分支机构及时出具有效证明（支持证明的材料包括总机构拨款证明、总分机构协议或合同、公司章程、管理制度等）。二级分支机构在办理税务登记时应向其所在地主管税务机关报送非法人营业执照（复印件）和由总机构出具的二级分支机构的有效证明。其所在地主管税务机关应对二级分支机构进行审核鉴定，督促其及时预缴企业所得税。以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供有效证据证明其二级及二级以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税，不执行国税发〔2008〕28号文件的相关规定。
按照统一的税率计算纳税
国税函〔2009〕221号文件规定，除执行过渡期优惠政策（国发〔2007〕39号、财税〔2008〕1号和财税〔2008〕21号）有关规定外，跨地区经营汇总纳税企业应按照企业适用统一的税率计算并缴纳企业所得税，不得按照总分支机构处于不同税率地区的计算方法计算并缴纳企业所得税。如执行上述过渡政策，总机构和分支机构处于不同税率地区的，预缴时，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后按照国税发〔2008〕28号文件规定的比例和三因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额，再分别按各自的适用税率计算应纳税额后加总计算出企业的应纳所得税总额。再按照国税发〔2008〕28号文件规定的比例和规定的三因素及其权重，向总机构和分支机构分摊就地预缴的企业所得税款。汇缴时，企业年度应纳所得税额应按上述方法并采用各分支机构汇算清缴所属年度的三因素计算确定。
【来源：中华会计网校】
