引言：建筑行业跨地区施工行为非常普遍，由于建筑企业异地施工，需要在项目所在地开票并缴纳营业税及其附加，因此一些项目所在地的税务机关为争夺税源，往往为异地施工的建筑企业代开建筑企业发票时，强行按开票金额的一定比例附征企业所得税。而异地施工的建筑企业在被项目所在地税务机关峪口了企业所得税后，机关所在地税务机关对于建筑企业异地缴纳的这部分企业所得税又不认可，导致了建筑企业重复纳税。很多建筑企业对此反应强烈。对此，国家税务总局专门下发了《关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》国税函【2010】39号文件，该文件对这些问题进行了规范。
《关于建筑企业所得税征管有关问题的通知》国税函【2010】39号文件（以下简称国税函【2010】39号），主要从以下两方面对建筑行业跨地区税收征管进行规范。
实行总、分支机构体制和不实行总、机构体制税收征管有别
实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业应严格执行《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》国税发【2008】28号（以下简称“国税发【2008】28号”）文件规定，按照统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库的办法计算缴纳企业所得税。
这里实际上是将建筑企业跨地区经营分为实行总、分支机构体制和不实行总、机构体制两种情况，分别规定建筑企业所得税的税收征管问题。
如果建筑企业跨地区经营，不实行总、分机构体制的，即施工合同由总机构直接和建设单位签订，由总机构直接以自己名义来项目所在地进行施工的，如果总机构能向项目所在地税务机关提供以其名义签订的合同、外出经营活动税收管理证明、机构所在地主管税务机关提供的纳税证明及相应身份证明的，其企业所得税应回其机构所在地纳税。
如果建筑企业跨地区经营，实行总、分机构体制的，应根据国税发【2008】28号文件规定，分支机构应在项目所在地按月或按季预缴企业所得税。但是，根据国税发【2008】28号文件规定，新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税。当然，尽管有这个文件的规定，各地税务机关对于实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业在企业所得税的具体征管方法上可能还会有所差异。有些地方在文件下发后在开票环节就不再预征企业所得税，而是严格要求分支机构按规定预缴企业所得税。
有些地方从强化管理的角度考虑，可能在开票环节仍实行按一个固定比例预征企业所得税，但是在年度终了，会根据分支机构提供的《中华人民共和国企业所得税汇总纳税分支机构分配表》进行结算，多退少补。这个，企业应关注当地的相关规定。
但是，企业必须要牢记一点的是，无论当地实行哪种管理模式，分支机构在当地预缴的企业所得税不能超过按国税发【2008】28号文的规定应在当地预缴的企业所得税数额，否则总机构应在随后的预缴期间内，由总机构将按上述文件规定计算分配的税款差额从分支机构的预缴数中扣减。即分支机构在当地多预缴的企业所得税，在总机构办理企业所得税年度汇算清缴时，不能作为已缴税款而减少总机构应在其所在地税务机关应缴纳的企业所得税，而影响到总机构所在地的税收权益。
这里，还需要注意的是，总机构和具有主体生产经营职能的二级分支机构，就地分期预缴企业所得税。二级分支机构及其下属机构均由二级分支机构集中就地预缴企业所得税；三级及以下分支机构不就地预缴企业所得税，其经营收入、职工工资和资产总额统一计入二级分支机构。
也就是说，实行总、分机构体制的跨地区经营建筑企业需要就地预缴企业所得税的，仅限于其设立的具有主体生产经营职能的二级分支机构。三级及其以下分支机构不需要就地预缴企业所得税。
对于符合条件的二级分支机构，国税函【2009】221号《国家税务总局关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》又给予了进一步明确：二级分支机构是指总机构对其财务、业务、人员等直接进行统一核算和管理的领取非法人营业执照的分支机构。以总机构名义进行生产经营的非法人分支机构，无法提供有效证据证明其二级及二级以下分支机构身份的，应视同独立纳税人计算并就地缴纳企业所得税。
建筑业中的挂靠经营非常普遍。有些建筑企业跨地区经营设立的分支机构，在财务、业务、人员等方面都合总机构无直接联系，仅仅是某些企业和个人为了获得施工资质，借有资质建筑企业之名设立的。因此，这些不符合条件的二级分支机构，应作为独立纳税人就地缴纳企业所得税。
二级分支机构须独立缴税
建筑企业跨地区设立的不符合二级分支机构条件的项目经理部（包括与项目经理部性质相同的工程于旨挥部、合同段等），应汇总到总机构或二级分支机构统一计算，按照国税发【2008】28号文件规定的办法计算缴纳企业所得税。
由于符合条件的二级分支机构必须是领取非法人营业执照的分支机构，因此建筑企业跨地区经营，从管理角度考虑设立的项目经理部、工程指挥部或合同段看，都不符合二级分支机构的条件。因此，如果这些项目经理部是总机构直接设立的，则汇总到总机构缴纳企业所得税，不需要在当地预缴。如果这些项目经理部是符合条件的二级分支机构设立的，则并入二级分支机构，由二级分支机构统一预缴企业所得税。
文件重申了税收执法纪律．各地税务机关自行制定的与本通知相抵触的征管文件，一律停止执行并予以纠正：对按照规定不应就地预缴而征收了企业所得税的，要及时将税款返还给企业。未按本通知要求进行纠正的，税务总局将按照执法责任制的有关规定严肃处理。