美国联邦政府审计自1950年后起,一直是内、外两条线并行，且延续至今：一条线是GAO发展绩效审计，另一条线是各联邦机构发展内部审计。

1949年起，GAO发展绩效审计的概念、准则、技术和方法，包括加强对内部审计、内部控制机制的健全性和有效性的检查和评估，关注的问题更宏观、更注重结果；与此同时，从1948年起，在第一届胡佛委员会1947年提出的绩效预算和标准改革方案的基础上，由GAO、财政部和预算署(BOB)的共同推动，在联邦政府各机构、各单位推行“联合会计改进计划”(Joint Ac-counting Improvement Program，1959年改称“Joint Financial Management Improvement Program”，缩写JFMIP，译为“联合财务管理改进计划”），改善内部财务管理，加强内部控制，建立并发展内部审计机制，即联邦各机构自身改善内部管理，加强对“过程”的内部控制。这两条线相互作用、协同并行，共同促进了美国联邦政府财务财政管理的改善和职责的履行。．

二战后联邦机构始建内部审计，GAO参与推动

1948年，沃伦审计长应“联合会计改进}}计划”的建议，发布统一的会计原则和准则，并在各联邦机构设置和建立会计系统。GAO成立会计系统局具体负责这项工作。当年，沃伦审计长采纳会计系统局的建议，主张联邦机构会计系统应建立适当的内部控制，内部审计应有其位置。

《1949年国家安全修正案》要求国防部的主审计官们和三个内设机构负责军事部门的内部审计，这给GAO会计系统局一个有力的支持。当时，第一胡佛委员会指出，详细的开支检查应是一种管理职能，应属内部控制系统的一部分。1949年秋，沃伦审计长签署命令放弃绝大多数的内控档案和与此相关 的桌面审计(Desk Auditing)。GAO有大约50000个分类账户被停止记账。这时，综合审计成为惯例和主流。

根据《1949年联邦财产和管理服务法案》，美国联邦政府建立总务局，并责成GAO对联邦的所有财产账目进行现场审计，对与此有关的内部审计和内部控制的有效性进行评价。

《1950年会计和审计法案》规定，如果审计长有要求，各行政机构应将有关文件档案放在现场接受审计，而不再送到GAo；联邦资金会计和控制的第一责任由部门管理层负责。各部门的负责人要根据审计长设置的会计原理和准则，负责设置和建立内部控制系统和内部审计。该法还规定，GAO审计程序的确定应考虑被审计单位的内部审计和控制系统。审计长应评估内部控制的有效性，然后确定审计的范围和重点。

也是在1950年，根据《1950年邮政部财务控制法案》，GAO将邮政会计局甩给了邮政局。从那时起，GAo对邮政局开始进行现场审计，检查其运转流程，测试其内控的有效性，而不再逐项检查每一条原始记录。